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近年來,SARS、口蹄疫、瘋牛病、狗流感、與猴天花等,這些新出現的各種感染性疾病頻頻突襲人類,已經給人類造成了災難性危害。通常情況下在動物間傳播的病毒很難在人與人之間傳播。但是,一旦與之相關的病毒在適應人類后,實現了有效的復制和擴增,就會造成人群間大流行。甲型流感是典型的“人畜共患病”,具有很高的發病率和死亡率。甲型流感病毒(IAV)是一種帶有分段基因組的負義單鏈RNA病毒,可以感染哺乳動物和鳥類。但是,在鳥類中復制的毒株通常不會感染哺乳動物,當具有新抗原性的禽源流感病毒株獲得在人之間傳播的能力時,就會引發嚴重的疫情。因此,了解宿主特異性的分子基礎具有重要的醫學意義。1918年開始流行的西班牙流感造成了約5%的人類死亡。圖片來源:維基百科近日,德國馬克斯·德爾布呂克分子醫學中心Matthias Selbach教授在國際專業學術期刊Nature Communications上發文,使用代謝脈沖標記和定量質譜技術比較人類適應的 IAV病毒株和鳥類適應的 IAV病毒株侵染人細胞后的蛋白質組動力學。研究者發現宿主蛋白的行為非常相似,但是病毒蛋白的產生卻有很大差異,尤其是對于基質蛋白M1,M節段中一段保守的順式調控元件是流感病毒侵染宿主的決定因素。文章精讀1. IAV感染的動態蛋白質組分析為了評估IAV的物種特異性的決定因素,研究者使用模型系統,比較了低致病性禽類H3N2 IAV(...
發布時間: 2020 - 01 - 03
編輯注 | 我們一直致力于打造蛋白質組學領域最自由的學術交流平臺,專家視界是我們的一次嘗試。我們會不定期邀請領域內的專家與學者,或分享他們的見解、體驗和對未來的展望,內容涉及科研、臨床、運用等蛋白質組學各個方向,歡迎關注!本文經授權轉載自徐旭東科學網博客,分享一段關于:微藻,南極和“青稞”的科學故事。原文 | 徐旭東 (中科院水生生物研究所研究員)提示:愛好生物學的可從第一段讀起,愛好“青稞”(青科)靚照和辛酸故事的請直奔最后部分。如果你看多了那些神人神操作的故事,或許在我們普通人之間對于科研和職業精神的樸實理解更有惺惺相惜的感覺。地球上最冷的區域當數南極大陸。那里最低氣溫可達到-89.2℃,約有99.8%的面積被平均2公里厚的冰層覆蓋(圖1)。雖然如此,在沒有冰蓋的區域地表溫度常年在-35℃~ 5℃范圍內波動。南極的動植物生活在有季節性融水的無冰蓋區域,而微藻和其他微生物則不僅生活于這些區域,還能生活于雪地、海冰和封存于冰蓋之下的湖泊之中。南極與其他大陸的動植物群落相互隔絕,但是其他大陸的微生物卻可以通過大氣層流等途徑達到南極。圖1. 南極正面觀。一些山脊(右上角圖)和海岸帶(右下角)有裸露的陸地(網絡下載圖片)南極為何如此寒冷?在地質史上,南極是從岡瓦納大陸分離出來的。約在3400萬年到3300萬年前,CO2濃度和氣溫驟降,冰層覆蓋南極。約2300萬年前,南...
發布時間: 2019 - 12 - 30
隨著以4D技術為代表的質譜方法的不斷進步,蛋白質組學也逐漸從基礎研究進入到了臨床分析的領域。由于蛋白質是功能的執行者和藥物的直接靶點,因此蛋白質組學在臨床方面的應用進展一直備受矚目。然后目前的臨床蛋白質組學研究,多數仍然是以新鮮或冰凍組織為樣本進行的。這些樣品往往缺乏足夠長的隨訪信息,導致了其實際的研究意義受限。另一方面,FFPE是臨床一直以來最常用的樣品保存方法,這類樣品不但數量多、而且時間長、隨訪信息完整,如果能夠將這些樣品應用于蛋白質組學分析,無疑會具有更好的臨床價值【1-4】。景杰生物已于近期隆重推出4D技術新應用-福爾馬林固定石蠟包埋組織(FFPE)樣本定量蛋白質組學,助力各位老師的研究。 圖1. 基于石蠟包埋樣本的蛋白質組學流程相較于傳統3D技術方法,基于4D平臺的蛋白質組學無論是在鑒定深度還是準確性上都能帶來全面的提升。我們最新的測試結果顯示,不同類型 FFPE 腫瘤組織樣本的4D蛋白質組學可鑒定約4000個蛋白,其中骨肉瘤(Osteo sarcoma)能鑒定超過4500個蛋白,前列腺癌(Prostate cancer)能鑒定約4000個蛋白,腎母細胞瘤(nephroblastoma) 能鑒定超過5000個蛋白,部分結果如圖2所示。圖2. 基于4D平臺的FFPE蛋白質組學測試結果產品類型:基于4D平臺的Label-free蛋白質組學送樣標準:3-5...
發布時間: 2019 - 12 - 25
隨著以4D技術為代表的質譜方法的不斷進步,蛋白質組學也逐漸從基礎研究進入到了臨床分析的領域。由于蛋白質是功能的執行者和藥物的直接靶點,因此蛋白質組學在臨床方面的應用進展一直備受矚目。目前的臨床蛋白質組學研究,多數仍然是以新鮮或冰凍組織為樣本進行的。這些樣品往往缺乏足夠長的隨訪信息,導致了其實際的研究意義受限。另一方面,福爾馬林固定石蠟包埋(Formalin Fixed Paraffin Embedded, FFPE)是臨床一直以來最常用的樣品保存方法,這類樣品不但數量多、而且時間長、隨訪信息完整,如果能夠將這些樣品應用于蛋白質組學分析,無疑會具有更好的臨床價值。馬克斯普朗克生物化學研究所所長Matthias Mann是蛋白質組學研究領域的一位著名科學家,他在蛋白質組學質譜技術研究方面獲得了許多重要的突出成果,改進或者發展了各種新型的技術,曾在Nature Methods,Cell等雜志上發表了一系列這一領域的研究成果。近日,Matthias Mann 團隊在預印本BioRxiv上發表題為A streamlined mass spectrometry-based proteomics workflow for large scale FFPE tissue analysis Fabian Coscia的研究論文。介紹了一種基于質譜的蛋白質組學工作流程,可直接從病理...
發布時間: 2019 - 12 - 25
真核生物中,MAPK信號通路是細胞表面傳導到細胞核內的重要信號調控通路,在關鍵的疾病相應,應激響應中都發揮著重要的功能機制。然而,植物中MAPK信號通路的相關作用與分子機制目前知之尚少。日前,山東農業大學郭興啟研究團隊,運用定量磷酸化修飾組學針對棉花的抗菌機制開展研究,研究鑒定到一個新的植物MAPK支架蛋白GhMORG1,并揭示其在棉花抗尖孢鐮刀菌中的調控作用。相關工作報道在國際知名期刊Plant Biotechnology Journal上。景杰生物為該研究的蛋白質組學、磷酸化修飾組學定量提供了技術支持。研究者首先通過生化實驗證實了GhMORG1能夠與MAPK信號通路中的GhMKK6蛋白互作。通過靶向基因沉默以及轉基因過表達實驗,研究者發現GhMORG1蛋白的缺失會造成尖孢鐮刀菌感染的增加,而GhMORG1蛋白的存在能夠顯著降低感染水平。隨后,研究者分析了GhMORG1在MAPK信號通路中的作用,發現GhMORG1能夠與GhMKK6結合進而增強GhMKK6的活性。為了進一步研究GhMORG1在尖孢鐮刀菌感染中發揮作用的分子機制,研究者應用GhMORG1沉默的植物株系與野生型株系,分別在感染尖孢鐮刀菌與否情況下分析不同樣品中的蛋白質組學與磷酸化修飾組學(組學策略)。通過蛋白質譜分析,總共鑒定到9053個蛋白,此外磷酸化修飾組學共鑒定到2920個蛋白上5065個磷酸化修飾位點(圖1)...
發布時間: 2019 - 12 - 20
編者按:我們將定期推送與蛋白質組學、翻譯后修飾等相關文章的盤點與概覽。內容涵蓋精準醫學、表觀遺傳學與組蛋白修飾、外泌體、植物蛋白質組學等方面。歡迎關注!蛋白質組學廣泛運用在外泌體相關研究中,之前幾期我們回顧了外泌體在腫瘤發生發展,介導癌癥化療藥物耐受等領域的應用,今天繼續給大家帶來外泌體蛋白組學的精選研究!今天介紹的三篇外泌體蛋白質組學精選文章,第一篇來自外泌體與腫瘤領域大牛David Lyden的又一力作,報道了腫瘤外泌體對腦轉移的影響,靶向外泌體蛋白CEMIP或將成為腦轉移防治的新途徑。 第二篇文章發現,細胞外囊泡可以將突變的β-catenin轉移至受體細胞,激活受體細胞WNT信號通路的激活而促進癌癥進展。第三篇文章為北京協和醫學院吳斌教授、葛微教授,鑒定血清來源外泌體蛋白SPARC和LRG1可作為結腸癌的生物標志物。從事相關研究的老師可以參考一下。NCB:腫瘤外泌體蛋白促進癌細胞腦轉移Tumour exosomal CEMIP protein promotes cancer cell colonization in brain metastasis內容簡介:驅動腫瘤轉移的分子機制研究已經有很多,但是轉移如何進入特定的器官,尤其是大腦,目前尚不清楚。事實上,腦部微環境不利于腫瘤的散播,轉移效率較低。具有重塑大腦生態支持生存和生長能力的腫瘤細胞才能夠成功轉移定植。腫瘤來源的外泌體...
發布時間: 2019 - 12 - 20
作為中樞免疫器官,胸腺是T細胞發育和成熟的必須場所。胸腺上皮細胞(Thymus epithelial cell;TEC)是胸腺中重要的基質細胞,其突起相互連接而形成網狀結構,在胸腺細胞分化、發育和選擇過程中發揮重要作用。TECs根據在胸腺的位置不同,可分為兩群:皮質上皮細胞 (cTECs)分布在胸腺外圍皮質部分,髓質上皮細胞(mTECs)分布在胸腺中心髓質部分,分別介導胸腺細胞的陽性選擇和陰性選擇。這些選擇過程將保證最終發育成熟的T細胞既具有識別自身MHC分子限制性抗原又對自身抗原耐受的特性。蛋白質組分析在深入了解細胞發育和功能的分子基礎方面展示了其強大的優勢。然而,TECs及其亞種群詳細的蛋白質組分析數據尚未報道。近日,美國國立衛生研究院國家癌癥研究所實驗免疫學分會Yousuke Takahama等人在國際著名學術期刊Cell Reports上發表標題為Trans-omics Impact of Thymoproteasome in Cortical Thymic Epithelial Cells論文,利用轉錄組學、蛋白組學等技術揭示了cTECs和mTECs之間的發育和功能差異的特征分子,及胸腺蛋白酶體對皮質胸腺上皮細胞功能影響。在本研究中,作者使用了胸腺增大的轉基因小鼠來克服用于蛋白質組分析的TECs數量有限這一問題。對從轉基因小鼠中分離的cTECs和mTECs進行R...
發布時間: 2019 - 12 - 16
睡眠與節律是近年來炙手可熱的研究領域,睡眠現象從無脊椎動物到哺乳動物中廣泛存在,是一種對大腦必不可少的時間鞏固行為:學習和記憶受益于睡眠,而缺乏睡眠會導致認知障礙,只有通過睡眠才能恢復,但其分子機制仍是現代生物學界一個巨大的未解之謎。睡眠睡眠需求不僅取決于清醒的持續時間和強度(穩態因子調節),也受到晝夜節律的調節,遺憾的是目前對于穩態因子和晝夜節律是如何互作調控睡眠仍不十分清楚。2018年6月,國際頂級學術期刊Nature報道了睡眠的穩態調控機制。日本筑波大學國際綜合睡眠醫學研究所劉清華課題組運用蛋白組學與磷酸化組學的研究方法,從“磷酸化/去磷酸化循環調控”角度提出了睡眠分子調控的新理論,研究揭示SNIPP磷酸化是睡眠需求的分子標記,SNIPP的磷酸化-去磷酸化循環是睡眠-覺醒穩態與突觸平衡的主要調節機制。今天分享的這三篇睡眠需求的蛋白質組學研究文章,于2019年10月11日同期發表于國際頂級學術期刊Science上。前兩篇文章均來自德國慕尼黑大學醫學院Maria S. Robles教授,蘇黎世大學Steven A. Brown教授的合作團隊。研究人員結合蛋白質組學、磷酸化組學、轉錄組學技術,對小鼠前腦神經突觸進行分析,首次全面的描述了在一天之中小鼠體內的數千種mRNAs、對應的蛋白質以及磷酸化位點的節律性變化,揭示了睡眠的恢復作用與神經元活動和突觸可塑性之間緊密關聯,同時探索了睡...
發布時間: 2019 - 12 - 16
活性氧(Reactive Oxygen Species,ROS)是細胞代謝不可避免的產物,細胞內高水平的ROS直接或間接的參與細胞信號傳導,誘導細胞凋亡,是糖尿病、動脈粥樣硬化和癌癥等許多疾病的共同發病機制。已有的研究發現ROS影響半胱氨酸可逆氧化還原修飾,在脂質分子產生的氧脅迫中發揮關鍵作用 (詳情請戳: NAT COMMUN:線粒體ROS通過半胱氨酸氧化修飾調控蛋白質合成 )。半胱氨酸具有活躍的側鏈巰基,在生物體內往往會發生多種類型的可逆氧化還原修飾,如二硫鍵,S-酰化,S-谷胱甘肽化,S-亞硝基化,亞磺酰化等。最新研究顯示,氧化還原修飾能夠參與到一些激酶和磷酸酶的活性調控并通過磷酸化的信號傳遞調控細胞生長增殖等生理過程。ROS導致的氧化還原修飾與磷酸化修飾之間異常的crosstalk在氧化應激中發揮重要功能,然而對此過程還缺乏系統的研究。近日(2019年12月2日),國際專業學術期刊Nature Communications上發表題為Global redox proteome and phosphoproteome analysis reveals redox switch in Akt的論文,悉尼大學Charles Perkins中心David E. James教授研究團隊通過氧化還原和磷酸化修飾組學研究脂肪細胞在氧化應激條件下整體信號通路的調控,找到氧化還原信號...
發布時間: 2019 - 12 - 09
從古老而厚重的西安,到通達而包容的鄭州,再到“一橋飛架南北,天塹變通途”的武漢,秉承兼容并蓄、合作共享理念的2019年中國腫瘤標志物學術大會暨第十三屆腫瘤標志物青年科學家論壇(CCTB)將于 2019年12月6-8日在湖北武漢 隆重召開。會議時間時間:2019年12月6日-8日地點:武漢·歐亞會展國際酒店景杰展位:B93作為大會重要合作伙伴,景杰生物邀您參與這一行業盛會! 本屆大會多位院士領銜眾多中青年學者,呈現20+緊密圍繞腫瘤標志物不同領域的前沿論壇和系列活動,將有200+精心準備的學術報告,將腫瘤標志物領域一年來最前沿最全面的成果帶給大家。祝您此行仰取俯拾、滿載而歸! 最新日程已出爐,我們整理了一些您關心的問題:1大會的詳細日程是怎樣的?歡迎各位老師蒞臨B93展臺,垂詢業務!景杰生物將以誠摯的服務精神和高質量技術平臺,助力各位病理學領域科學家取得更多成果
發布時間: 2019 - 12 - 06
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